Einfache Epidemie-Modelle

Es geht um das Verfahren, das Werte für Rₜ sucht, die an die Daten angepasst sind. Ich stelle ein Skript für die Programmierumgebung R zur Verfügung. Das Skript optir (R, 8 KB) hat 180 Zeilen und ist mit vielen Kommentaren versehen.

Wenn man R und den Modul FME installiert hat, kann man das Skript fast sofort ausführen. Zuvor muss man noch die Daten als csv-File vom RKI besorgen und den Filenamen in den ersten Zeilen des Skripts anpassen.

Wenn jemand keine Erfahrung mit R hat, wird er das Skript wahrscheinlich nicht verstehen. Im Netz gibt es Tutorials.

Einiges sollte ich vielleicht erläutern. Das Skript ist in drei Teile geteilt.

• Die Arbeit des ersten Teils, die Daten zu lesen und umzuformen, könnte man auch ohne R erledigen.
• Im zweiten Teil werden Funktionen definiert:
  • modFit und ode stammen aus dem Modul FME
  • func ist unser Modell
  • obj stellt die Verbindung zu den Daten her
  • fitr führt die Optimierung für einen Teilabschnitt durch
• Im dritten Teil lassen wir fitr über die Zeitachse laufen. Dabei ruft fitr modFit, modFit ruft obj, obj ruft ode und ode ruft func.

Eine Kleinigkeit: ich benutze '=' anstelle des '<-', das viele Anleitungen benutzen.